Metagenomica

Gli studi di metagenomica si basano sull’analisi del gene ribosomiale 16S (16S rRNA), lungo approsimativamente 1500 bp, contenente 9 regioni variabili intersperse fra regioni conservate. Le regioni variabili sono usate spesso nelle classificazioni filogenetiche: con il sistema MiSeq è stato messo a punto il sequenziamento di una piccola porzione della sub unità 16S (regioni variabili V3 e V4) per identificare e classificare tutti i batteri presenti in un determinato campione. Il sequenziamento del 16S rRNA è un metodo ormai consolidato per studi di filogenesi e tassonomia partendo da microbiomi complessi che risulterebbero impossibili da analizzare tramite il sequenziamento Sanger; grazie al Next Generation Sequencing si può ottenere l’identificazione a livello di specie delle popolazioni microbiche più complesse in maniera efficiente e veloce.

Le caratteristiche del servizio che viene effettuato sono:

Amplificazione delle regioni variabili partendo da DNA (estratto da suolo, feci o cibo)
Barcoding con index Illumina
Sequenziamento su piattaforma Illumina con corsa paired ends 2X300
Profondità della lettura: 100.000 reads
Consegna dei dati grezzi e delle tabelle OTU

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