Bio-Fab Reserch - Nuove generazioni di sequenziamento

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Applicazioni

Le applicazioni più comunemente attuate su una piattaforma NGS prevedono l'utilizzo di specifici protocolli sperimentali, che cambiano a seconda dell'applicazione scelta e dello scopo del progetto. Nei laboratori Bio-Fab vengono rese disponibili tutte le applicazioni realizzabili sulla piattaforma GAIIx dell'Illumina, tra cui:

Sequenziamento de-novo e resequencing di interi genomi: sequenziamento de novo di interi genomi, di organismi superiori, virali, batterici, fungini o di grossi costrutti come BAC o cosmidi; ri-sequenziamento di genomi con lo scopo di identificare singoli polimorfismi (SNPs), regioni associate a patologie, mutazioni somatiche, o di individuare eventuali "errori" di annotazione scaturite dai precedenti sequenziamenti;

Deep sequencing: individuazione di varianti genetiche e mutazioni rare; sequencing per il confronto di ceppi batterici per scopi clinici, alla ricerca di varianti rare di microrganismi resistenti ai farmaci o particolarmente patogeni (Microbial Diversity); individuazione di caratteristiche genetiche che determinino la risposta ai farmaci (Farmacogenetica);

Metagenomica: analisi contemporanea del genoma di tutti i micro-organismi per la ricerca di nuove specie presenti in un campione ambientale e microambientale;

Paleogenomica: analisi di genomi a partire da reperti fossili di organismi estinti;

Epigenetica e studi sulla cromatina: analisi dell'interazione tra proteine e DNA; analisi dei pattern di metilazione e delle modificazioni istoniche;

smallRNA Discovery: analisi del profilo globale di espressione ed identificazione di piccoli RNA come miRNA, siRNA, piRNA ed altri non-coding RNA;

Analisi del trascrittoma: analisi del profilo globale di espressione di mRNA.

L'elenco delle possibile applicazioni può essere articolato in base ai protocolli sperimentali disponibili, riportati nella tabella

APPLICAZIONI	PROTOCOLLI Illumina*
Sequenziamento de-novo e resequencing di interi genomi	Genomic DNA-Single read Genomic DNA-Paired-End Genomic DNA-Mate Pair
Deep sequencing	Genomic DNA-Single read Genomic DNA-Paired-End Genomic DNA-Mate Pair RNA Seq
Metagenomica e Paleogenomica	Genomic DNA-Single read Genomic DNA-Paired-End Genomic DNA-Mate Pair
Epigenetica e studi sulla cromatina	Chip Seq Genomic DNA-Single read Genomic DNA-Paired-End Genomic DNA-Mate Pair
smallRNA Discovery	smallRNAs Seq
Analisi del trascrittoma	RNAs Seq

*Per i dettagli vedi l'ultimo release del listino Illumina e i relativi protocolli e data sheets disponibili al sito internet www.illumina.com o, alternativamente ottenibili tramite richiesta
e-mail a ricerca-sviluppo@biofabresearch.it