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Come preparare i campioni |
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1) CAMPIONI di DNA o RNA per la preparazione delle librerie
2) CAMPIONI di librerie già pronte per generazione clusters e sequenziamento Per lo svolgimento del servizio NGS Bio-Fab, sono accettati esclusivamente i seguenti campioni:
1) CAMPIONI di DNA o RNA per la preparazione delle librerie - Protocollo Genomic DNA Single Read e Paired End
Raccomandazioni: Per la quantificazione si sconsigliano metodi spettrofotometrici, così come il Nanodrop, che non riescono a discriminare in maniera accurata tra molecole di dsDNA, ssDNA, RNA e nucleotidi presenti nel campione. E' necessario valutare la qualità e l'integrità di un campione di DNA anche attraverso una corsa elettoforetica in gel d'agarosio ed allegare al campione inviato un'immagine della corsa sul gel. Note - Protocollo Genomic DNA Mate Pair
Raccomandazioni: Per la quantificazione si sconsigliano metodi spettrofotometrici, così come il Nanodrop, che non riescono a discriminare in maniera accurata tra molecole di dsDNA, ssDNA, RNA e nucleotidi presenti nel campione. E' necessario valutare la qualità e l'integrità del DNA correndo una piccola quantità di campione (200 ng) in un gel a bassa percentuale di agarosio (0,6 %). Il DNA di ottima qualità dovrebbe corrispondere ad una banda in genere maggiore di 50 kb con eventuale minima presenza di leggero smearing a basso peso molecolare. Se la maggior parte del DNA mostra una taglia inferiore ai 50 kb e lo smearing è chiaramente visibile, il DNA è da considerarsi degradato. Allegare un'immagine della corsa del gel al campione inviato. Note - Protocollo ChIP-seq
Note - Protocollo di mRNA-seq
Raccomandazioni: L'invio di quantità inferiori a quelle richieste può comportare una riduzione di resa nella preparazione della libreria, così come l'RNA degradato o contaminato da molecole di DNA. Quindi è estremamente importante utilizzare RNA di alta qualità come materiale di partenza. Si raccomanda di includere un passaggio in DNase durante il protocollo di isolamento dell'RNA. Contaminanti di DNA possono essere tuttavia rimossi durante la purificazione del mRNA. E' necessario valutare l'integrità dell'RNA correndolo in un gel di agarosio con formaldeide 1% e colorando con etidio bromuro. RNA di alta qualità mostra una banda di 4,5 kb corrispondente al rRNA 28S. Questa banda dovrebbe avere un'intensità di segnale due volte maggiore di quella mostrata dalla banda del rRNA 18S di 1,9 kb. Allegare un'immagine della corsa del gel al campione inviato. Note - Protocollo di smallRNA-seq
Raccomandazioni: L'invio di quantità inferiori a quelle richieste può comportare una riduzione di resa nella preparazione della libreria, così come l'RNA degradato o contaminato da molecole di DNA. Quindi è estremamente importante utilizzare RNA di alta qualità come materiale di partenza. Si raccomanda di includere un passaggio in DNase durante il protocollo di isolamento dell'RNA. Contaminanti di DNA possono essere tuttavia rimossi durante la purificazione del mRNA. E' necessario valutare l'integrità dell'RNA correndolo in un gel di agarosio con formaldeide 1% e colorando con etidio bromuro. RNA di alta qualità mostra una banda di 4,5 kb corrispondente al rRNA 28S. Questa banda dovrebbe avere un'intensità di segnale due volte maggiore di quella mostrata dalla banda del rRNA 18S di 1,9 kb. Allegare un'immagine della corsa del gel al campione inviato. Note
2) Librerie già pronte per generazione clusters e sequenziamento
Raccomandazioni: Note 3) Spedizione dei campioni I campioni vanno spediti all'interno di provette da 1,5 ml DNasi/RNasi free, sigillate e nominate singolarmente con i nomi dei campioni che contengono. Si raccomanda di spedire i campioni congelati, in ghiaccio secco, con corriere espresso, con consegna garantita entro le 24 ore. La spedizione dei campioni o della libreria è sempre successiva all'accettazione del form di accesso al servizio da parte della Bio-Fab, e successiva all'accettazione delle condizioni di vendita da parte del cliente. Spedire i campioni al seguente indirizzo: Bio-Fab Research srl Per ogni ulteriore informazione inviare una e-mail all'indirizzo ricerca-sviluppo@biofabresearch.it
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Sede legale: Bio-Fab Research srl – Via Mario Beltrami, 5 – 001 ROMA
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