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ZNA OLIGO E PROBE
 
Zip nucleic acids (ZNAs) sono oligonucleotidi coniugati con una coda di spermine cationiche che aumenta l’affinità dell’oligonucleotide per il suo target diminuendo le repulsioni elettrostatiche tra le cariche anioniche negative del ssDNA migliorandone l’ibridazione, aumentando e accelerando il riconoscimento del target. La possibilità di modulare la carica globale dei ZNA coniugati in base al numero di spermine collegate all’oligomero di acido nucleico è la chiave per predire facilmente la Melting Temperature (Tm) di ibridi ZNA-DNA / ZNA-RNA. La Tm aumenta linearmente con la lunghezza dell’oligonucleotide. Sono una valida alternativa per Minor Groove Binder (MGB) e LockedNucleic Acid (LNA).

Caratteristiche principali:

• Riconoscimento migliorato ed accelerato del target
• Maggiore sensibilità
• Tm aumentata per sonde corte
• Quenching migliorato per sonde corte
• Flessibilità migliorata in termini di:
- Efficienza alle basse concentrazioni
- Efficienza alle alte temperature di annealing
- Aggiustamenti nella concentrazione di Mg
- Limitazioni nella progettazione degli oligo

A cosa servono:

• Discriminare mismatch/SNP/alleli
• Diminuire i cicli di threshold
• Quantificare accuratamente i trascritti poco abbondanti
• Aumentare la trascrizione dell’RNA in cDNA
• Aumentare i livelli di segnale

….quindi possono essere usati in:

• PCR/real-time PCR/RT-PCR
• Microarrays/Capture probing
• Northern Blot/Dot Blot
• In Situ Hybridization (ISH)

Una Tm molto bassa per oligonucleotidi o sonde molto corte è un problema che può essere aggirato aggiungendo a questi oligo delle sub-unità aspecifiche (come negli ZNA) che ne aumentano la Tm senza perdere specificità e superare restrizioni dovute a sequenze molto specifiche.

L’aumento della Tm è naturalmente più elevato sugli oligo o sulle sonde più corte, per questo la Bio-Fab ha esteso il range di lunghezza partendo da 8mers per gli oligo e da 10mers per le sonde Dual-labeled.

La Tm degli ZNA può essere calcola approssimativamente utilizzando questa formula:

Tm (ZNA) = Tm (DNA) + 36z/(N-3.2)
z: numero di unità cationiche
N: numero di nucleotidi

Esempio:
Sequenza ATATATAT 8mer Tm(DNA) = 16°C
+
ZNA-2 building block
Tm(ZNA) = 16 + 36*2/(8-3.2) = 31°C

La Bio-Fab sintetizza ZNA aggiungendo 2 o 3 “building blocks” (ZNA-2, ZNA-3) sia ai primer (lunghezza compresa fra 8 e 15mers), sia alle sonde dual-labeled (da 10 a 17mers). Gli ZNA-4 e ZNA-5 si possono aggiungere a primer da 16mers (ZNA-4), e 20mers (ZNA-5): mentre per le sonde dual-labeled la lunghezza minima è di 18mers (ZNA-4) e 22mers (ZNA-5).
La lunghezza massima degli ZNA, secondo la nostra esperienza, è di 40mers con 5 building blocks. Ulteriori modificazioni dei primer o delle sonde, senza modificarne la specificità riguardano l’incorporazione di analoghi di basi come:

C-5-propinil dC (PDC) che alza la Tm di ~ 2,8 ° C per sostituzione
e / o
C-5 propinil-Du (PDU) che alza la Tm di ~ 1,7 ° C per sostituzione.

Siamo ora in grado di offrire sonde dual -labeled ZNA marcate al 5’ con alcuni dei nostri reporter (FAM, Fluo, JOE, ROX, TAMRA, CY3, CY5, Cy5.5, ...); queste sonde non sono degradate durante la PCR consentendo un’analisi post-PCR più accurata. Per informazioni scrivete a info@biofabresearch.it

Nota bene: i blocchi di ZNA possono essere aggiunti solo al 3'o 5'.
Tutti oligo ZNA saranno consegnati disciolti in H2O (pH 7-9) alla concentrazione di 100 µM

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