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sequenziamento  e genotyping
 

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Genotyping
 
Analisi di frammenti PCR:  

Qualsiasi amplificato marcato al 5’ che abbia una lunghezza compresa tra 50bp e 560bp puo' essere analizzato con il sequenziatore.
I vantaggi sono:
• maggiore risoluzione e sensibilità rispetto al gel di agarosio
• possibilità di avere la misura precisa della lunghezza del frammento in riferimento ad uno standard di peso molecolare interno (liz 600) che viene corso insieme ai campioni.
• possibilità di avere una misura quantitativa relativa in base all'ampiezza del picco e all'intensità del segnale.
• possibilità di analizzare molti campioni contemporaneamente.

Come preparare i campioni da inviare:

• 10ul di amplificato per ogni marcatore (indicare sul form, nelle informazioni aggiuntive, le misure attese, base pair, per ciascun campione)
• spedire a temperatura ambiente in provette 0.2ml
• si consiglia di verificare gli amplificati e le quantificazioni su gel di agarosio prima di spedire i campioni

Gli amplificati di PCR derivanti da protocolli e tecniche di natura diversa (Microsatelliti, AFLP, OLA, SNPLex, SNAPShot ecc.) devono essere ottenuti utilizzando uno o più dei seguenti marcatori: -6-FAM, VIC, NED e PET.

I risultati vengono inviati in 24/48 ore e riassunti in un foglio excel con la misura dei frammenti, l'area dei picchi ed i data point con le immagini dei plot corrispondenti.

Genotipizzazione di animali di laboratorio:

Il servizio permette l'identificazione e la caratterizzazione di animali di laboratorio e prevede:

• l'estrazione di DNA genomico a partire da biopsie
• la sintesi degli oligo per amplificare il gene/i
• PCR
• gel di agarosio (a richiesta può essere utilizzato il sequenziatore per analizzare i profili di amplificazione)
• diagnosi

Come preparare i campioni da inviare:
• in Etanolo: utilizzare singoli tubi da 1.5 ml identificati con numero progressivo
• in ghiaccio secco: utilizzare singoli tubi da 1.5 ml identificati con numero progressivo o deep-well da 96 pozzetti con relativo schema di identificazione

Per l’ottimizzazione del protocollo contattare il laboratorio (laboratori@biofabresearch.it )

Genotyping
 
 
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