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sequenziamento  e genotyping
 

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Primer walking ssDNA e dsDNA
 
Con il primer walking sequenziamo tratti molto lunghi di DNA allineando piu' reazioni innescate da oligo diversi. Questi vengo disegnati, ogni 400 basi, sul risultato delle reazioni precedenti.
Saremo tentati di offrire questo tipo di strategia solo per sequenziare plasmidi + inserto di non piu' di 15 kb ma sarebbe troppo facile quindi, se ce lo chiedete, proveremo anche con frammenti di PCR, plasmidi piu' grandi, BAC, Cosmidi, Adenovirus ecc.
ssDNA:
Voi dovete: Preparare bene il DNA (sequenziamento) e specificare quante basi volete sequenziare. Se avete una sequenza di riferimento che ha una buona omologia con quella che volete sequenziare indicateci l'accession number. Per le quantita' da inviare riferirsi al form.
Noi dobbiamo: Sintetizzare gli oligo for ogni 400bp sulla base della lettura precedente (potrebbe essere anche rev) e creare una vostra banca oligo personale (durata due anni) tramite attivazione di una folder interattiva nell'area riservata.
Allineare tutte le letture effettuate e spedirvi la consensus in formato fasta, i singoli elettroferogrammi e una mappa di appaiamento degli oligo. L'accuratezza del risultato prevista e' del 99.8%
Sequenziamento + Allineamento ssDNA
Consegna su rischiesta anche parziale dei risultati con media di 1000/1500 bp a settimana.
Gli accordi e le strategie possono variare a seconda della complessità del sequenziamento a cui si può andare incontro.
dsDNA:
Voi dovete: Preparare bene il DNA (sequenziamento) e specificare quante basi volete sequenziare. Se avete una sequenza di riferimento che ha una buona omologia con quella che volete sequenziare indicateci l'accession number. Per le quantita' da inviare riferirsi al form.
Noi dobbiamo: Sintetizzare gli oligo for e rev ogni 400bp sulla base della lettura precedente e creare una vostra banca oligo personale (durata due anni) tramite attivazione di una folder interattiva nell'area riservata.
Allineare tutte le letture effettuate e spedirvi la consensus in formato fasta, i singoli elettroferogrammi e una mappa di appaiamento degli oligo. Con le letture su ambo gli strand l'accuratezza del risultato prevista aumenta fino al 99.99%.
Sequenziamento + Allineamento dsDNA

Consegna su rischiesta anche parziale dei risultati con media di 1000/1500 bp a settimana.
Gli accordi e le strategie possono variare a seconda della complessità del sequenziamento a cui si può andare incontro.
 
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