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sequenziamento  e genotyping
 

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Shotgun
 
La tecnica dello Shotgun Cloning permette il sequenziamento di DNA con elevati pesi molecolare (ad es. Cosmidi, YAC, BAC o interi genomi) in tempi una volta ritenuti impossibili. Il sistema , messa a punto dalla Celera Genomics, è stato alla base del Progetto Genoma.

1) il DNA taget viene diviso
meccanicamente in frammenti
distinti di circa 1 – 2 kb.

Shot-gun


2) i frammenti vengono
subclonati in appositi vettori.
Ogni clone è sequenziato con due
oligo, relativi al 3' e al 5' del
sito di inserzione.

Shot-gun


3) le lettture ottenute vengono
allineate per ottenere la sequenza
consenso del DNA target.

Shot-gun

4) Nell'ultimo step, il finisching,
vengono chiusi gli eventuali gap e
sono risolte le ambiguità, sequenziando
direttamente il DNA target con oligo specifici

Shotgun

MATERIALE RICHIESTO:

-DNA target (50 ug minimo, conc almeno 60ng/ul)
-oligo che annili sul DNA, che sarà utilizzato per una reazione di sequenziamento finalizzata a testare la qualità/quantità del templato
-info su dimensioni DNA e sul tipo di preparazione utilizzata
-mappa di riferimento (quando possibile) in formato elettronico

RISULTATI:

La sequenza consenso verra’ inviata in formato fasta.
Il contig avrà un grado di accuratezza del 99.8%.
Consegna su rischiesta anche parziale dei risultati.
Gli accordi e le strategie possono variare a seconda della complessità del sequenziamento a cui si può andare incontro.
La libreria dei cloni viene conservata per due anni ed è a disponibile dei clienti (ad es. se si è interssati ad un frammento clonato del DNA target).

Gli oligo creati per il finishing verranno conservati nella banca oligo personale
consultabile direttamente dalla pagina web del nostro sito (AREA RISERVATA).

 
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