Genotyping e analisi di frammenti

Analisi di frammenti PCR:Genotyping1
Qualsiasi amplificato marcato al 5’ che abbia una lunghezza compresa tra 50bp e 560bp puo' essere analizzato con il sequenziatore.
I vantaggi sono:

  • maggiore risoluzione e sensibilità rispetto al gel di agarosio
  • possibilità di avere la misura precisa della lunghezza del frammento in riferimento ad uno standard di peso molecolare interno (liz 600) che viene corso insieme ai campioni.
  • possibilità di avere una misura quantitativa relativa in base all'ampiezza del picco e all'intensità del segnale.
  • possibilità di analizzare molti campioni contemporaneamente.

Come preparare i campioni da inviare:

  • 10ul di amplificato per ogni marcatore (indicare sul form, nelle informazioni aggiuntive, le misure attese, base pair, per ciascun campione)
  • spedire a temperatura ambiente in provette 0.2ml
  • si consiglia di verificare gli amplificati e le quantificazioni su gel di agarosio prima di spedire i campioni

Gli amplificati di PCR derivanti da protocolli e tecniche di natura diversa (Microsatelliti, AFLP, OLA, SNPLex, SNAPShot ecc.) devono essere ottenuti utilizzando uno o più dei seguenti marcatori: -6-FAM, VIC, NED e PET.
I risultati vengono inviati in 24/48 ore e riassunti in un foglio excel con la misura dei frammenti, l'area dei picchi ed i data point con le immagini dei plot corrispondenti.

Genotipizzazione di animali di laboratorio:

Il servizio permette l'identificazione e la caratterizzazione di animali di laboratorio e prevede:

  • l'estrazione di DNA genomico a partire da biopsie
  • la sintesi degli oligo per amplificare il gene/i
  • PCR
  • gel di agarosio (a richiesta può essere utilizzato il sequenziatore per analizzare i profili di amplificazione)
  • diagnosi


Come preparare i campioni da inviare:

  • in Etanolo: utilizzare singoli tubi da 1.5 ml identificati con numero progressivo
  • in ghiaccio secco: utilizzare singoli tubi da 1.5 ml identificati con numero progressivo o deep-well da 96 pozzetti con relativo schema di identificazione

Per l’ottimizzazione del protocollo contattare il laboratorio (Questo indirizzo email è protetto dagli spambots. È necessario abilitare JavaScript per vederlo. )
Genotyping


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